Фамилия Марахтанова — редкий пример, где на первый план выходит не корень, а суффикс. Её основа «Марахтан» образована по продуктивной для русских фамилий модели от прозвища или мирского имени, но с характерным тюркским или монгольским оттенком. Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») указывает на принадлежность: «чей?» — Марахтанов, то есть сын или потомок Марахтана. Сама же основа «Марахтан» скорее всего восходит к тюркскому слову «марах» (в ряде диалектов — «место, стоянка», «укрепление») или к личному имени с компонентом «-хан» (например, Марат-хан, где «хан» — титул, а «Марат» — арабского происхождения, означающее «желанный»). Правдоподобнее версия с именем: в Поволжье, на Урале и в Сибири, где русские фамилии часто вбирали тюркские элементы, Марахтановы могли быть потомками человека, носившего имя или прозвище Марахтан. Менее вероятно, но возможно, что основа связана с диалектным глаголом «марахтать» (в говорах — «суетиться, делать что-то небрежно»), однако такая версия не подкреплена широкой фиксацией слова в словарях. Географически фамилия встречается преимущественно в Западной Сибири и на Урале, что косвенно подтверждает её тюркский след. Сословно Марахтановы, скорее всего, были крестьянами или казаками — в документах XVIII–XIX веков подобные фамилии редко встречаются среди дворянства. Уникальность фамилии в том, что она сохранила редкий для русской ономастики переход от тюркского имени через русский патронимический суффикс, не превратившись в более привычное «Маратов» или «Мараханов».