Фамилия Маргаскина, как и большинство русских фамилий на -ин, образована от мужской формы Маргаскин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Маргаскина» или «вдова Маргаскина». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Маргаска.

Что означало это имя? Самая прямая и правдоподобная версия — связь с тюркским словом «маргас» или «маргаска», которое в некоторых диалектах означало «рябой», «пестрый», а иногда и просто «смуглый». Прозвища по цвету кожи или внешности были очень распространены: Рябой, Беляк, Черныш. Маргаска — один из таких вариантов, возможно, принесенный в русские земли вместе с татарским или башкирским влиянием.

Версия о происхождении от женского имени Маргарита (в просторечии — Маргаска) менее убедительна. Фамилии от полных женских имен в русской традиции — редкость, обычно они образуются от мужских прозвищных форм. Скорее всего, Маргаска — это уменьшительное от мужского Маргас, а не от Маргариты.

С географической точки зрения фамилия Маргаскин (и Маргаскина) тяготеет к Поволжью и Приуралью. В этих регионах, где веками происходило смешение славянских и тюркских народов, такие «пограничные» прозвища были обычным делом. Предок носителей фамилии мог быть русским, получившим прозвище от соседей-татар или башкир, или же обрусевшим представителем тюркского народа.

Таким образом, фамилия Маргаскина — не про аристократию и не про редкое церковное имя. Это бытовое, народное прозвище, которое закрепилось за родом, скорее всего, на границе двух культур. Её носители — потомки человека, которого в деревне или в слободе прозвали Маргаской, то есть «рябым» или «смуглым».