Фамилия Маркалайнина — редкая и по своему устройству необычная. Она не вписывается в шаблон «имя + суффикс», к которому привыкло большинство. Её разбор сразу наталкивает на мысль о географическом или этническом происхождении, а не о прозвище по профессии или внешности.

Основа фамилии — «Маркалайни» — почти наверняка происходит от топонима. Скорее всего, это название небольшого поселения, хутора или урочища, которое существовало в Карелии, Финляндии или на смежных территориях бывшего Великого княжества Финляндского. Финские и карельские топонимы с корнем «Markka-» (ср. фин. markka — марка, денежная единица, или личное имя Markku) и суффиксом «-lainen/-läinen» (обозначающим жителя или выходца откуда-то) — обычное дело. «Маркалайни» буквально значит «житель Маркала» или «человек из Маркала». Русские переписчики, сталкиваясь с такими названиями, часто передавали их на слух и прибавляли к ним русский женский суффикс -ин, образуя форму «Маркалайнина».

Суффикс -ина в данном случае указывает на то, что перед нами «жена или дочь Маркалайни». В русской традиции фамилии на -ин часто закреплялись за женщинами в документах, а затем передавались по наследству. Мужской вариант, логично, звучал бы как Маркалайнин. Встречаются обе формы, но женская — Маркалайнина — могла закрепиться, если родоначальницей фамилии в документах значилась вдова или если фамилию записали со слов женщины.

Таким образом, предки носителей этой фамилии — выходцы из финно-угорской среды, скорее всего, карелы или финны, переселившиеся на русские земли (например, в Олонецкую губернию, Петербургскую губернию или в Сибирь в ходе переселенческих волн). Они получили фамилию по месту своего прежнего жительства — деревне или хутору, название которого со временем стерлось с карт. Споров о происхождении тут немного: версия с прибалтийско-финским топонимом — самая прямая и логичная, а попытки вывести фамилию от славянского «марка» (метка) или «маркий» (пачкающийся) разбиваются о нехарактерный для славян суффикс -лайни.