Фамилия Маркенхейм — редкий для России пример скандинавской аристократической фамилии, образованной по немецкой модели. Её основа — два корня: «Маркен» и «хейм». Первая часть восходит либо к имени Марк (от латинского Marcus — «посвящённый Марсу»), либо к географическому названию Марк (нем. Mark — «граница, пограничная область»). Вторая часть — древневерхненемецкое heim («дом, жилище, поместье»). Таким образом, Маркенхейм буквально означает «дом Марка» или «поместье на границе». Такие двухосновные фамилии на -хейм типичны для немецкой и шведской знати (ср. Бранденбург, Гогенгейм).

Словообразовательная модель здесь не русская, а западноевропейская: фамилия не имеет суффиксов -ов/-ев, -ин или -ский. Она относится к типу локативных (топонимических) прозвищ, которые закреплялись за владельцами земель или рыцарями, получавшими имя по своему замку или поместью. В Швеции и Финляндии, где фамилии на -хейм особенно распространены среди дворянства (например, Маннергейм), Маркенхейм могла принадлежать шведскому или финскому роду, чей предок владел усадьбой с таким названием.

В России эта фамилия встречается крайне редко и, скорее всего, связана с потомками шведских или немецких офицеров, переселившихся в империю после Северной войны или в XVIII–XIX веках. В дворянских родословных книгах она не фиксируется — вероятно, носители не входили в российское столбовое дворянство, а оставались иностранными подданными или служили по контракту. Споров о происхождении почти нет: версия о шведском корне (Märkenheim) выглядит убедительнее, чем гипотетическая связь с немецким городом Маркенхайм, так как модель с «Маркен-» в Швеции встречается чаще.

Из-за редкости фамилии известные носители в открытых источниках не прослеживаются. Если ваши предки носили Маркенхейм, стоит искать их в метрических книгах лютеранских приходов Петербурга, Выборга или Прибалтики — именно там оседали семьи с такими именами.