Фамилия Маркияненко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVI–XVII веках закрепилась в Поднепровье и на Левобережье. Суффикс -енко в ту пору означал «сын» или «потомок», так что Маркияненко — это буквально «сын Маркияна».

В основе фамилии лежит крестильное имя Маркиан, которое в украинской народной традиции звучало как Маркиян. Имя это восходит к латинскому Marcianus — «принадлежащий Марку», «марков». А имя Марк имеет два объяснения: от латинского marcus «слабый, вялый» или от названия месяца Martius — «родившийся в марте». Второе толкование, хоть и популярно, лингвисты считают менее убедительным: скорее всего, имя Марк связано с римским богом войны Марсом, и его древнее значение — «воинственный».

В православной традиции имя Маркиан носили несколько святых, в том числе преподобный Маркиан Кирский, основатель монашеской обители близ Антиохии, и благоверный царь Маркиан, византийский император V века, созвавший Халкидонский собор. Поэтому имя было хорошо известно на Руси, хотя в крестьянской среде встречалось реже, чем, скажем, Иван или Василий. Маркияненко — фамилия не массовая, что говорит о её локальном бытовании. Она могла закрепиться в одном или нескольких сёлах, где жил род Маркияновичей, чей предок носил это редкое имя.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду таких же украинских отчеств, как Даниленко, Петренко, Иваненко, но с той разницей, что основа Маркиян- встречается реже. В русской среде аналогичная фамилия выглядела бы как Маркианов или Маркиянов — с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность, а не на прямое родство «по сыну». Украинская форма Маркияненко, напротив, подчёркивает: носитель — именно потомок Маркияна, а не просто «маркиановский человек».

Встречается также вариант Маркьяненко — с упрощением и смягчением основы, что характерно для южных говоров. Но исходная форма Маркияненко точнее передаёт церковное звучание имени.