Фамилия Марохотин образована от имени-прозвища Марохота. Вокруг того, что это было за имя, есть две версии, и обе заслуживают внимания. Первая отсылает к слову «мороха» — так в русских говорах называли мелкий, затяжной дождь, морось. Владимир Даль в своём словаре фиксирует это значение. В таком случае Марохотой могли назвать ребёнка, родившегося в сырую, дождливую погоду. Имя-оберег, данное по обстоятельствам появления на свет, — распространённая практика в крестьянской среде. Вторая версия связывает Марохоту с каноническим мужским именем Марон (от сирийского «Господь наш»). Имя это встречалось в святцах, а уменьшительная форма Марохота могла возникнуть в быту естественным путём.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому типу — на -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я, указывая на принадлежность: «чей?» — Марохотин, то есть сын, потомок Марохоты. Эта модель господствовала в Северной и Центральной России, особенно в новгородских и владимирских землях. Если у ваших предков были Марохотины, регион поиска стоит сузить именно до этих областей.

Вторая версия (от Марона) кажется менее вероятной, но не из-за слабости аргументов, а из-за редкости самого имени Марон в русской традиции. Имя это не было широко распространено, в отличие от живой и понятной диалектной лексики. Однако полностью исключать её нельзя: в ономастике известны случаи, когда редкое церковное имя давало начало целому гнезду фамилий (ср. Маронов, Мароков, Марочкин). Марохотин вполне могло возникнуть параллельно с ними.

Фамилия фиксируется в документах как минимум с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне Марохотины в Шацком уезде, что косвенно подтверждает связь с центральнорусскими говорами. В XIX веке носители фамилии отмечены также среди однодворцев — особого сословия, занимавшего промежуточное положение между крестьянами и мелкопоместным дворянством. Это добавляет социального контекста: Марохотины не были бесправными крепостными, а несли службу и владели землёй.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — как и у большинства русских фамилий, процесс её закрепления растянулся на несколько поколений. Но в любом случае, основа её — либо меткое прозвище по погоде, либо редкое христианское имя, что делает Марохотиных интересным примером народной ономастики.