Основой фамилии Марохотин послужило мирское имя Марохота. Мирское имя Марохота восходит к нарицательному «мороха», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «морось, ситовник, мельчайший дождь». Вероятно, Марохотой назвали ребенка, рожденного в дождливую погоду. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Марохотин лежит имя Марохота, производная форма мужского личного имени Марон, которое в переводе с сирийского означает «Господь наш». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Марохота, со временем получил фамилию Марохотин.