Фамилия Морохотин образована по классической русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Морохотин буквально значит «сын Морохоти» или «человек из семьи Морохоти». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Морохота, а само слово, скорее всего, связано с глаголом «мороховать» — то есть думать, размышлять, смекать. В старых говорах «мороха» означала также хлопоты, заботы, суету, а в переносном смысле — человека задумчивого, медлительного или, наоборот, суетливого и непоседливого.

Именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого. Морохотин относится ко второму типу: здесь нет следов календарного святца, зато хорошо видна живая разговорная основа, которая закрепилась за конкретным человеком. Прозвище Морохота могли дать человеку неспешному, «морочащему голову», либо тому, кто любил поразмышлять и всё делал с толком.

Редкость фамилии объясняется тем, что основа «морох-» в антропонимии встречается заметно реже, чем, скажем, «мороз-» или «моров-». Сравните с однокоренными Морохов, Морохин, Мороховец — все они восходят к тому же корню, но Морохотин выделяется двойным суффиксом: сначала уменьшительное -от-, затем притяжательное -ин. Такая цепочка характерна для прозвищ, которые закреплялись в семье и передавались детям: сначала Морохота, потом Морохотин сын, и уже затем — фамилия.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным русским говорам, где слово «мороха» и его производные были употребительны. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией или её ранними формами, но массового распространения она не получила — это скорее фамилия одного рода, разошедшегося по разным губерниям.

Если ваш предок носил фамилию Морохотин, скорее всего, он происходил из среды, где ценили неспешность и основательность: прозвище, лёгшее в основу, не несёт негативного оттенка, а скорее рисует образ человека со своим ритмом и складом ума.