Фамилия Морохотова — женская форма фамилии Морохотов. В русской традиции такие фамилии на -ов/-ев, как правило, образованы от прозвищ или мирских имён, которые заканчивались на твёрдый согласный. Основа здесь — Морохот.

Что стоит за этим словом? Самая вероятная версия ведёт к глаголу «морохтать» или «морохотить». В северных говорах (архангельских, вологодских) это означало «мельтешить», «рябить в глазах», «суетиться попусту». Человек мог получить прозвище Морохот за суетливый, непоседливый характер или за нечёткую, сбивчивую речь. В том же ряду стоят слова «мороха» (суета, морок) и «морочить» — обманывать, вводить в заблуждение. Так что прозвище могло быть ироничным: так называли не столько обманщика, сколько человека, от которого «рябит в глазах» из-за его беспокойства.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным «морох» (сухой туман, мгла, мелкий дождь). В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком угрюмым, хмурым, «пасмурным» лицом. Или же за тем, кто родился или жил в сырой, туманной местности.

Суффикс -ов- указывает на типичную модель русских фамилий, сложившуюся в XV–XVII веках. Первоначально Морохотов — это «сын Морохота», то есть потомок человека с таким прозвищем. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном характере прозвища: оно не было общеупотребительным, а бытовало в узком кругу говоров.

Сравните с однокоренными фамилиями: Морохов, Морохин, Мороховский. Все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Морохотова — более редкий вариант, где основа сохранила полную форму прозвища с окончанием -от, что характерно для имён, описывающих действие или качество (ср. Топот, Шёпот).