Фамилия Марьюшин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от женского имени через суффикс -ин. В основе лежит имя Марья — народная, обиходная форма канонического имени Мария. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Марьюшин буквально означало «сын Марьи» или «человек из семьи Марьи». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде, где женщина была главой дома или где её имя служило для идентификации потомков — например, у вдов или в семьях, где отца не стало рано.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от нецерковного мужского имени Марьюша — уменьшительной формы от Марьян, Мариан или даже Мартемьян. В русских говорах «марьюша» могло быть и прозвищем ласкового, мягкого человека, но прямых словарных подтверждений этому нет. С точки зрения словообразования, если бы фамилия шла от мужского имени, логичнее ожидать форму Марьюшев (с суффиксальным -ев), а не Марьюшин. Поэтому версия с матримониальным (от материнского имени) происхождением выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, в списках распространённых русских фамилий (например, в расчётах Б. Унбегауна или В. Никонова) она не фигурирует. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России — там, где в диалектах бытовала форма «Марьюша» вместо литературной «Маруся». По сословной принадлежности носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами: у дворянских родов редко встречаются фамилии, образованные от просторечных форм имени без патронимического суффикса -ов/-ев.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Маринин или Марьин, где основа та же, суффикс -ушин придаёт фамилии отчётливый оттенок уменьшительности и принадлежности к конкретному лицу. Это сближает её с такими фамилиями, как Ванюшин, Петюшин, Танюшин — все они образованы от ласкательных форм имён и несут в себе отпечаток деревенского, семейного быта XIX века.