Фамилия Масафаев — редкая, и её разбор требует внимания к неочевидной основе. Скорее всего, она образована от тюркского или арабо-тюркского имени, а суффикс -ев указывает на русскую модель патронимии (чьих будешь? — сын Масафая).

Корень «Масаф» или «Масафа» может восходить к арабскому слову «масаф» (مسافة) — «расстояние, дистанция». В тюркских языках, заимствовавших арабизмы, это слово могло стать личным именем или прозвищем, например, для человека, который жил в отдалении от поселения, или для путника. Другой вариант: имя Масафа — форма от «Муса» (библейский Моисей в исламской традиции) с добавлением аффикса, что встречается в башкирской и татарской антропонимии. Точнее сказать трудно, так как фамилия нечастотная и не попала в крупные дореволюционные списки.

Географически Масафаевы встречаются в Волго-Уральском регионе (Татарстан, Башкортостан), а также у астраханских татар. Это указывает на происхождение из среды татар или башкир, которые в XIX веке массово получали русские фамилии по отцу. Ударение, вероятно, падает на последний слог — Масафа́ев, по аналогии с другими фамилиями на -аев из тюркских языков.

Словообразовательная модель простая: к основе «Масафай» (где -ай — тюркский уменьшительно-ласкательный суффикс) добавили русский патронимический суффикс -ев. Сравните с фамилиями Сафаев, Асафаев — они построены по тому же принципу. Если бы основа звучала как «Масаф», фамилия была бы Масафов, но форма на -аев подтверждает, что имя предка имело окончание на -ай или -а.

Таким образом, Масафаев — фамилия, за которой стоит имя или прозвище далёкого предка, связанное с дорогой, расстоянием или переосмысленное через арабский корень. Точное значение ускользает, но её редкость и региональная привязка делают её характерным примером тюрко-русского пограничья в ономастике.