Фамилия Масекеев образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. Здесь этот суффикс добавляется к основе «Масекей». Такая конструкция указывает на то, что фамилия происходит от личного имени или прозвища предка — Масекей. Исходное имя, в свою очередь, скорее всего, является производной формой от крестильного имени Матвей или Максим.

Дело в том, что в народной речи имена часто усекались и обрастали уменьшительно-ласкательными суффиксами. Имя Матвей (в просторечии Матвей, Матвеюшка) могло дать форму Мася, а затем — Масекей. Аналогично от Максима (Макся) возникали варианты Максей, Масекей. Фонетически переход «к» в «с» (Максей → Масекей) встречается в диалектах, где смягчают или заменяют звуки для удобства произношения. Поэтому первая версия — сын или потомок человека по прозвищу Масекей, что было ласкательным обращением к Матвею или Максиму.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями, если фамилия бытовала в районах смешанного русско-татарского населения. В татарском языке есть слово «мас» — пьяный, хмельной, и слово «кей» (от «кейү» — жених, зять). Однако сложно объяснить, как из этих двух частей возникло бы имя Масекей, а не, скажем, Маскеев. К тому же суффикс -ев в русских фамилиях чаще прикрепляется к славянским основам. Поэтому тюркская версия выглядит натянутой и не имеет серьёзной поддержки в ономастических источниках.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Южном Урале — регионах, где традиционно жили переселенцы из центральной России, и где имя Матвей было очень популярно среди крестьян и мещан. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянству или служилым людям: прозвища в форме «Масекей» давали в быту, а в официальные документы их записывали как фамилии уже в XVIII–XIX веках.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Матвеев, Масеев, Масягин — показывает, что Масекеев стоит в том же ряду уменьшительных форм от Матвея. Если Матвеев — прямая отсылка к полному имени, то Масекеев — более редкий, «домашний» вариант, который сохранил архаичную ласкательную форму.