Фамилия Масекина встречается заметно реже своей мужской пары — Масекин. По модели образования это классическая «материнская» фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность женщине, то есть Масекина — это «дочь (или жена) Масеки». В русской традиции такие фамилии давали по матери, если отец был неизвестен или отсутствовал, либо по имени матери, когда она играла главную роль в хозяйстве. В основе же лежит имя или прозвище Масека.

Корень здесь — то же самое «Мас-», что и в имени Масей, Мася, уменьшительной форме от Матвей или Макар. Матвей в народной речи превращался в Масея, отсюда и ласкательное Масека. Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с диалектным словом «масека» — в некоторых говорах так называли малорослого или суетливого человека. Прозвище могло закрепиться за невысоким, подвижным крестьянином.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит фамилии на -ин к древнейшему пласту русских фамилий, возникших ещё в XV–XVI веках. Масекины, скорее всего, происходят из центральных или северных губерний России, где суффикс -ин был особенно распространён. Встречаемость фамилии сегодня крайне невысока, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в одном-двух уездах.

Интересная деталь: написание через «е», а не через «ё» (Масекина, а не Масёкина) указывает, что ударение в фамилии падает на второй слог — Масе́кина. Если бы ударным был первый слог, в документах XIX века чаще писали бы «Масёкина». Такая орфографическая мелочь помогает отличить эту фамилию от однокоренной Масёкин, которая могла образоваться от того же корня, но с другим ударением.