Фамилия Машкалиев — редкий пример, когда географический и языковой корень сплетаются так тесно, что разделить их почти невозможно. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), основа здесь не славянская и не греческая, а тюркская. Скорее всего, в её основе лежит имя Машкали — вариант имени Машхур или Машаллах, распространённого у народов Северного Кавказа и Поволжья. Суффикс -ев (вместо привычного -ов) указывает на мягкую или шипящую основу: именно так оформляли фамилии от слов, оканчивающихся на -ь или шипящий.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени Машкал, которое могло означать «известный», «прославленный» (от арабского «машхур»). В тюркских языках, особенно кумыкском и ногайском, такие имена давали в надежде на удачу и признание. Однако есть и другая, более приземлённая гипотеза: в некоторых диалектах «машкал» или «машкала» — это мелкий предмет, безделушка, а иногда и прозвище шустрого, вертлявого человека. Какая из версий верна — сказать сложно, но первая выглядит убедительнее, учитывая, что фамилия чаще встречается у народов, где арабские имена были привычны.

Фамилия Машкалиев — редкая и локальная. Её носители сосредоточены в Дагестане, Чечне и среди кумыков, а также встречаются у астраханских татар. В центральной России она почти не известна. Это значит, что предки человека с такой фамилией, скорее всего, жили на Северном Кавказе или в Нижнем Поволжье, где тюркские и кавказские языки смешивались с русским административным учётом. Сама фамилия — не дворянская и не крестьянская в классическом русском смысле: она возникла поздно, в XIX — начале XX века, когда представителям местных народов начали массово давать фамилии по отцу или деду.

Интересно, что ударение в фамилии плавающее: одни произносят Машка́лиев, другие — Машкали́ев. Первый вариант ближе к тюркскому ударению на первый слог имени, второй — к русской привычке ставить ударение на суффикс. В документах чаще фиксируют второй вариант, но в устной речи встречаются оба.