Фамилия Машковцева образована от имени Машко — так на Руси называли человека, носившего одно из церковных имён: Мирон (в переводе с греческого «благоухающий»), Парамон («твёрдый», «надёжный», «верный») или Моисей (предположительно от египетского «извлечённый из воды»). Имя Машко — это просторечная, обиходная форма, которая бытовала в крестьянской и посадской среде. Поэтому скорее всего основатель рода Машковцевых был человеком из простого сословия, а не из знати: сложные церковные имена в быту сокращали и переделывали на свой лад, и именно эти уличные варианты чаще всего закреплялись в фамилиях.

Сам суффикс -цев- в фамилии указывает на притяжательное значение: Машковцев буквально означает «сын Машка» или «человек из рода Машка». Такая модель с двойным суффиксом (-ов- + -цев-) типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии часто образовывали не напрямую от имени отца, а через промежуточную форму — прозвище рода. То есть сначала кого-то звали Машко, его детей могли называть Машковы, а уже их потомки становились Машковцевыми. Это характерная черта фамилий, которые окончательно оформились не в XVI–XVII веках, а несколько позже, когда к уже готовой фамилии отца добавляли ещё один суффикс для обозначения следующего поколения.

Существует и другая, менее правдоподобная версия, которая относит фамилию к группе образованных от женских имён. В этом случае в основе лежит имя Мария, а точнее его просторечная форма Машка. С древнееврейского Мария переводится как «любимая, желанная», а также «госпожа». Фамилии по матери давали тогда, когда ребёнок рождался вне брака, воспитывался вдовой или женщиной, которая фактически возглавляла семью: из-за тяжёлой болезни мужа или его долгой службы в армии. Во времена рекрутских наборов мужчина обязан был отслужить 25 лет, и связь с домом на десятилетия прерывалась, так что дети могли получить фамилию не по отцу, а по матери.

Однако эта версия слабее первой. Во-первых, форма Машка для имени Мария — слишком поздняя и фамильярная, в старину чаще использовали уменьшительные Маша, Маня, Маря. Во-вторых, фамилии от женских имён в целом редки и почти всегда связаны с конкретными жизненными обстоятельствами, тогда как фамилии на -цев- от мужских прозвищ — массовое явление. Поэтому основная версия — происхождение от мужского имени Машко — выглядит гораздо убедительнее. Потомок человека по имени Машко со временем и получил фамилию Машковцева.