Фамилия Машухина — женская форма, а в основе лежит мужская фамилия Машухин, которая образована по очень простой и распространённой в русском языке модели: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Машуха — значит «сын Машухи» или «человек из рода Машухи». Так что ключ к фамилии — в имени или прозвище Машуха.

Машуха — это уменьшительно-ласкательная или обиходная форма от канонического имени Матвей. В народной речи имя Матвей легко превращалось в Матюха, Матюша, а затем и в Машуха. Связь простая: в диалектах и бытовом произношении «т» перед шипящим могло смягчаться и переходить в «ш», поэтому Матюха и Машуха — варианты одного корня. Это не единичный случай: от Матвея образованы фамилии Матюхин, Матюшин, а Машухин стоит в том же ряду, но с другим суффиксальным оформлением.

Есть и вторая, менее вероятная, версия. В некоторых говорах «машуха» могло быть прозвищем — например, для человека, который часто машет руками, суетится или работает быстро. Однако такая гипотеза слабая: прозвище Машуха не фиксируется в исторических источниках как самостоятельное, а имя Матвей в народных формах встречается повсеместно. Поэтому основная и самая убедительная версия — от имени Матвей через форму Машуха.

Фамилия Машухин — редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий, её носители встречаются в основном в центральных и северных областях России, где были сильны традиции уменьшительных имён. В документах XVIII–XIX веков фамилию можно найти в переписях крестьян и мещан, то есть предки Машухиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени отца или деда. Сословная принадлежность не выделяла их среди других: это обычная русская фамилия, рождённая из живого народного имени.