Фамилия Мататханов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На слух она кажется нерусской, и это действительно так: её основа — тюркское или кавказское слово, а русский суффикс -ов указывает на то, что фамилию адаптировали по русской модели при переписях или оформлении документов.

Корень «Мататхан» скорее всего восходит к двум тюркским компонентам: «мат» (или «мет») — «меткий», «ловкий», и «хан» — титул правителя или почётное обращение. В тюркских языках сложные имена с финальным «хан» (например, Айхан, Туранхан) были распространены, и «Мататхан» могло быть личным именем или прозвищем, означавшим «меткий (ловкий) хан» или «хан, достойный похвалы». Вторая версия — связь с арабским словом «мат» (смерть) через персидское влияние, но это маловероятно для фамилии, так как сочетание «смерть хана» давало бы негативный смысл, несвойственный именам.

Географически фамилия Мататханов тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы и где русская администрация фиксировала фамилии по отчеству: Татарстан, Башкортостан, Кавказ (особенно Дагестан или Чечня), а также Казахстан. Встречаемость крайне низкая — это не массовая фамилия, а локальная, часто принадлежащая одной семье или роду.

По сословной принадлежности предки Мататхановых, скорее всего, были из крестьян или казаков — в дворянских родословных книгах такая фамилия не фиксируется. В XIX веке носители фамилии могли быть выходцами из татарских или горских общин, которые принимали православие или просто получали русскую фамилию при записи в метрики. Интересно, что ударение в фамилии, вероятно, падает на последний слог — Мататха́нов, что тоже типично для тюркских основ, адаптированных русским суффиксом.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближе всего Матаев, Мататов, Матанов — у них тот же корень, но без титула «хан». Фамилия Мататханов стоит особняком: она сохранила редкую двухкорневую конструкцию, которая в быту могла сокращаться или упрощаться, но в документах закрепилась целиком.