Фамилия Матэр — редкий для России случай, когда фамилия звучит как иноязычное заимствование, но при этом могла возникнуть и на русской почве. В большинстве случаев она имеет немецкие или еврейские корни, хотя не исключено, что перед нами — один из вариантов русифицированной фамилии, возникшей из прозвища.

Самый прямой путь к происхождению — немецкое слово Mater (мать) или Mater в значении «материя, вещество». В немецком языке фамилия Матер (Mater) встречается как профессиональное прозвище для человека, связанного с тканями, или как метонимическое именование по материнской линии. Однако в русской записи конечное «р» могло смягчиться, и фамилия превратилась в «Матэр». Второй вариант — еврейское происхождение от аббревиатуры или от слова matar (дождь) на иврите, но для фамилий, оканчивающихся на «-эр», это менее характерно.

Если же отбросить западные версии, можно предположить, что фамилия Матэр — это результат искажения или диалектного произношения русской фамилии Матёр, Матёров. В русских говорах слово «матёрый» означало «опытный, сильный, взрослый» (матёрый волк, матёрый человек). Прозвище Матёр давали крепкому, зрелому мужчине, и от него по модели «-ов/-ев» вышла бы фамилия Матёров. Но без суффикса (просто Матёр) она попала в разряд «прозвищных» фамилий, которые в документах иногда записывали на слух: «Матэр» как фонетический вариант «Матёр». Такая модель встречается в северных и сибирских говорах, где «ё» нередко заменялось на «э» в письменной речи.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Матэр стоит особняком. В русской ономастике фамилии без патронимических суффиксов (-ов, -ин, -ский) — редкость. Они характерны либо для украинской и белорусской традиции (типа Гринь, Швець), либо для поздних записей, когда прозвище фиксировали в исходной форме. Если Матэр — не немецкая, а русская фамилия, то её носитель — потомок человека, которого в деревне звали просто Матёр, без добавления «-ов». Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде однодворцев или крестьян южных губерний, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений.

Окончание на «-эр» в русской среде — яркая примета. Если предки Матэр жили в Поволжье или на юге России, стоит проверить связь с немецкими колониями: фамилии вроде Матер, Матерн там обычны. Если же фамилия встречается в центральной России, скорее всего, это русифицированная форма от «Матёр» — прозвища сильного и уважаемого человека.