Фамилия Мацафеева — женская форма от Мацафеев, и её разговорное звучание сразу подсказывает, что перед нами не стандартная модель на -ов/-ев от крестильного имени. Основа «Мацафей» ни в святцах, ни в бытовых именах не встречается, поэтому искать здесь церковное происхождение бесполезно. Скорее всего, корень — прозвище, искажённое или диалектное слово.

Самый вероятный источник — глагол «мацать» в южнорусских и украинских говорах, означающий «щупать, трогать, мять». «Мацафей» могло быть прозвищем человека, который всё трогал руками, или, в переносном смысле, — дотошного, въедливого мастера, например, кожевника или портного, постоянно ощупывающего материал. Суффикс -ей в таких прозвищах встречается редко, он придаёт фамилии оттенок фамильярности или уменьшительности, как в «Кузьма — Кузьмафей». Вторая версия, менее убедительная, — связь с тюркским корнем «маца» (обезьяна) или «мацаф» (неуклюжий), но это требует миграции фамилии из южных степей, а документальных подтверждений нет.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и южным областям России — Курской, Воронежской, Ростовской областям. В дореволюционных переписях Мацафеевы встречаются в основном среди крестьян и мещан, что указывает на бытовое, а не дворянское происхождение. Ударение, судя по живой речи носителей, падает на второй слог: Мацафе́ев. Женская форма Мацафеева образована по стандартной модели, без дополнительных суффиксов.

Встречаются варианты написания с одной «ф» — Мацаеев, но это скорее описка, чем отдельная ветвь. Фамилия не имеет отношения к еврейским «Маца» или «Мацкевич» — это чисто русская прозвищная модель, застывшая в XIX веке.