Фамилия Мацконите — нечастая, и её разбор требует внимания к мелочам, которые обычно упускают. Основная трудность: окончание -ите выдаёт в ней не русскую, а литовскую или, реже, латышскую модель. В русском языке суффикс -ит- почти не образует фамилий, зато в литовском окончание -ите (-ytė) — стандартный женский суффикс, указывающий на незамужнюю женщину, дочь. То есть Мацконите — это «дочь Мацкоса» или «девушка из рода Мацкосов», где Мацкос — мужская форма фамилии или прозвища.

Корень Мацк- ведёт к литовскому личному имени Motiejus или его краткой форме Mackus, что соответствует русскому Матвей. В литовской ономастике распространены фамилии вроде Mackevičius, Mačionis, а форма на -us при добавлении женского суффикса даёт Mackutė, но вариант Мацконите возникает, если мужская основа — Mackonis или Mackonas. Словообразовательная цепочка: Mackonis (мужчина) → Mackonytė (его дочь). В русской передаче окончание упростилось до -ите, а корень записался как Мацк- (с «ц» вместо «к» под влиянием польской или белорусской традиции).

Географически фамилия почти наверняка происходит из исторических земель Великого княжества Литовского — современные Литва, запад Беларуси, реже Латгалия. В России она встречается спорадически, чаще всего у потомков переселенцев или в смешанных браках. Если предки носили Мацконите, то, скорее всего, они были крестьянами или мелкими ремесленниками: в Литве фамилии на -ите не давали сословной привилегии, а просто фиксировали пол и родство.

Спорных версий немного. Иногда корень связывают с польским macka — «кошка», но это маловероятно: для литовских фамилий такая основа редка, и ударение в слове не совпадает. Альтернатива — славянское «мацать» (щупать), но тогда фамилия должна была бы иметь суффикс -ов или -ин, а не литовское окончание. Поэтому самая надёжная гипотеза — литовская матрилинейная модель: Мацконите как «дочь Мацкоса», где сам Мацкос — производное от Матвея.