Фамилия Матукайтис — одна из тех, что сразу выдают литовское происхождение. Её основа — имя Матук, которое в Белоруссии и соседних землях было распространённой народной формой крестильного имени Матвей (Матфей). Само имя пришло из древнееврейского и переводится как «дарованный богом». В Библии Матфей — апостол и евангелист, бывший мытарь, который оставил своё дело, вняв слову Господа.

Словообразовательная модель здесь типична для литовских фамилий: суффикс -айтис указывает на потомка, отвечая на вопрос «чей сын?». То есть Матукайтис буквально означает «сын Матука» или «из рода Матука». Такая форма характерна для западных регионов Литвы, особенно для Жемайтии, где фамилии с этим суффиксом встречаются чаще всего.

Заимствование славянской уменьшительной формы имени в литовскую среду произошло не случайно. Во времена Великого княжества Литовского и Речи Посполитой белорусские и литовские земли жили в тесном переплетении культур и языков. Крестильное имя Матвей в белорусском звучании давало формы Матук, Матусь, Мацей, и эти варианты свободно переходили из одного языка в другой. Так что предки носителей фамилии Матукайтис могли быть и белорусами, принявшими литовскую фамильную форму, и литовцами, взявшими в основу фамилии имя, популярное у соседей.

Интересно, что в самой Литве фамилия сохранила именно ту форму, которая закрепилась в письменных источниках ещё в XVII–XVIII веках, когда шло массовое формирование литовских фамилий. В русскоязычной среде фамилия не склоняется по падежам, что тоже отличает её от славянских аналогов.

Отдельно стоит сказать о родственных фамилиях. В Белоруссии и Польше та же основа дала фамилии Матукевич, Матукович, Матук. В Литве параллельно существовали формы Матукас, Матукявичюс — все они восходят к одному корню и означают одно и то же: принадлежность к роду человека по имени Матук, то есть Матвей.