Фамилия Матюшенкова отсылает нас к имени Матюша — так на Руси ласково и обиходно звали мальчиков и мужчин с крестильным именем Матвей. В переводе с древнееврейского оно означает «человек Божий» или «дар Бога», и это одна из самых распространённых версий происхождения основы. Получается, что родоначальник Матюшенковых носил имя Матюша, а его потомки со временем закрепили за собой прозвание по этому имени.

Сама форма фамилии — с суффиксом -енко — выдаёт её восточноукраинское происхождение. Такая модель образования фамилий сложилась именно на землях Левобережной и Слободской Украины: суффикс -енко означал «сын такого-то» или «потомок такого-то». Матюшенко — это буквально «сын Матюши». Со временем, когда фамилия перешла в женскую форму, появилось и окончание -а: Матюшенкова.

Скорее всего, основатель рода был выходцем из простого сословия: в среде крестьян, ремесленников и казаков уменьшительные формы имён использовались повсеместно, и фамилии от них возникали естественным путём, без участия церковной или светской бюрократии. Дворянские роды чаще брали за основу полные имена или географические названия, а вот Матюшенковы — это типичный пример народной, «домашней» ономастики.

Интересно, что фамилия сохранила не только имя, но и его уменьшительную окраску. Если бы предка звали просто Матвеем, мы бы имели дело с фамилией Матвеев. А вот Матюшенковы — это потомки не Матвея, а именно Матюши, что говорит о тёплом, семейном прозвище, которое закрепилось за родом. Такое явление встречается довольно часто, но каждый раз показывает, как личное, почти интимное обращение становилось официальным родовым именем.

В написании фамилии встречаются варианты: Матюшенко (мужская форма) и Матюшенкова (женская). В русскоязычной среде окончание -а добавилось по законам русской грамматики, хотя сама основа осталась украинской. Это типичная история для фамилий, которые пришли с Украины в центральные и северные регионы России вместе с переселенцами в XVII–XIX веках.