Фамилия Матютин происходит от личного прозвища Матютя, и у этого прозвища есть две основные версии происхождения. Первая и, пожалуй, самая любопытная, связывает его с диалектным глаголом «матусить». В словаре Владимира Даля это слово означает «суетиться, кидаться», а также «моросить» — о мелком затяжном дожде. Если следовать этой версии, прозвище могло отражать характер предка: поспешного, торопливого в словах или поступках человека. Но есть и более трогательное объяснение: Матютей родители могли ласково называть ребенка, появившегося на свет в дождливую погоду, — эта версия кажется вполне жизненной для внутрисемейного обихода.

Вторая гипотеза выглядит не менее убедительной и более распространенной в ономастике. Согласно ей, Матютя — это простонародная, уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Матвей. Само имя пришло из древнееврейского языка и переводится как «дар Божий». На Руси имя Матвей было широко распространено, а его святым покровителем считают апостола Матфея Левия, бывшего мытаря, который, по преданию, оставил свое дело, вняв слову Господа. Почитали на Руси и преподобного Матвея, архимандрита, которого называли одним из великих учителей церкви. Таким образом, имя, освященное авторитетом святых, в бытовой речи превращалось в ласковое Матютя и закреплялось за человеком как основное обиходное именование.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Матютин — это «сын Матюти», потомок человека, носившего это прозвище или уменьшительное имя. Модель образования через -ин типична для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я, и широко распространена в северных и центральных русских землях. Интересно, что в одном ряду с Матютиным стоят однокоренные фамилии Матвеев и Матюхин: все они выросли из разных форм одного и того же имени, но каждая сохранила свой оттенок — от полного церковного до фамильярно-деревенского. Фамилия Матютин не относится к числу редких, но и не бросается в глаза частотностью, что типично для фамилий, закрепившихся в крестьянской и мещанской среде в XVII–XIX веках.