Фамилия Матютина хранит память о прозвище дальнего предка — Матютя. Вокруг этого прозвища сложилось две основные версии, и обе имеют право на жизнь. Первая отталкивается от глагола «матусить», который В. Даль толкует как «суетиться, кидаться; моросить (о дожде)». Если следовать этой версии, прозвище отражало характер: так могли назвать человека поспешного, торопливого в словах или поступках. Но у того же глагола есть и «погодное» значение — моросить. Отсюда следует, что Матютей могли в семье ласково называть ребенка, родившегося в дождливую пасмурную погоду.

Вторая гипотеза видит в Матюте народную, уменьшительную форму крестильного имени Матвей. Имя древнееврейского происхождения, в переводе — «дар Божий». Святым покровителем считается апостол Матфей Левий, бывший мытарь, который оставил свое дело, вняв слову Господа. На Руси почитали и архимандрита Матвея Преподобного, одного из великих учителей церкви. В этом случае Матютя — чисто семейное, домашнее именование, которое закрепилось за человеком и со временем легло в основу фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Матютин буквально значит «сын Матюти», «ребенок Матюти». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших из прозвищ и внутрисемейных имен. Потомок человека по прозвищу Матютя со временем получил фамилию Матютин, и она передавалась из поколения в поколение, по сей день храня память о происхождении рода. Какая из версий правдоподобнее — сказать сложно, но связь с именем Матвей выглядит более частотной для русской ономастики: подобные уменьшительные формы (Матюта, Матюша, Матюха) дали начало целому ряду фамилий, включая Матюшин и Матюхин.