Фамилия Матютя — редкий случай, когда в основе лежит не полное имя, а его уменьшительно-ласкательная форма. Она происходит от просторечного варианта имени Матвей — Матюта. В русском языке суффикс -ют- образовывал прозвища и домашние имена: Матюта, Мишюта, Ванюта. Фамилия сохранила эту форму практически без изменений, только застыла в родительном падеже: «чей?» — Матютя. То есть предка звали Матютя, и его потомки стали Матютями.

В отличие от фамилий на -ов/-ев (Матвеев, Матюшин), которые закрепились как стандартные, Матютя осталась в форме, близкой к исходному прозвищу. Это указывает на то, что фамилия могла сложиться в среде, где патронимическая модель с суффиксом -ич/-ич не была обязательной — например, в южнорусских или украинских говорах. Там нередко фамилией становилось само прозвище без дополнительного суффикса: не Матютин, а просто Матюта. Позже, при переходе в русскую систему, окончание -я могло осознаваться как фамильный суффикс, аналогичный -а в фамилиях типа Сковорода или Голова.

Корень фамилии — имя Матвей, еврейского происхождения (Маттитъяху — «дар Яхве»). В народной среде имя адаптировалось: Матюта, Матюха, Матюня. Фамилия Матютя, таким образом, напрямую связывает носителя с древним библейским именем, но через крестьянскую, бытовую традицию. Встречается она преимущественно в западных и центральных областях России, а также на Украине — там, где была распространена форма Матюта. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами: дворянские фамилии редко сохраняли такую простонародную форму.

Спорных версий у фамилии почти нет. Единственное, что можно предположить, — связь с диалектным словом «матюта» (бранное выражение), но это маловероятно: прозвище по имени всегда первичнее, чем по ругательству. К тому же имя Матвей было очень популярно, и форма Матюта встречается в документах XVII–XVIII веков как вариант имени, а не как оскорбление. Так что фамилия Матютя — это «сын того, кого звали Матютя», и ничего более.