Фамилия Маухина образована от мужского прозвища или имени Мауха. В основе лежит модель, типичная для русских фамилий: притяжательный суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный, и отвечал на вопрос «чей?». Таким образом, Маухина буквально означает «дочь или жена Маухи», а изначально — «человек из рода Маухи».

Само слово «мауха» в русских говорах имело несколько значений. Наиболее вероятное — диалектное название насекомого, мошки или мухи, которое встречается в южнорусских и западных говорах. Прозвище Мауха мог получить человек маленького роста, юркий или назойливый, либо, в переносном смысле, тот, кого сравнивали с мошкарой за суетливость. Не исключено и иное происхождение: в некоторых областях «маухой» называли непоседу или бойкого, шустрого ребёнка.

Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Маухина, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). В данном случае мы имеем дело с прозвищной основой, а не с каноническим церковным именем. Подобные фамилии от названий животных и насекомых — частый пласт в русской антропонимии: вспомним хотя бы Мухина, Пчелкина, Жукова. Фамилия Маухина стоит в этом же ряду, но с более редкой диалектной основой.

География фамилии не слишком широка, что говорит о её локальном происхождении. Вероятнее всего, она закрепилась в тех регионах, где слово «мауха» было в ходу — в южнорусских областях, на границе с Украиной и Беларусью. Там же встречаются родственные фамилии Маухов и Маухин, которые могли возникнуть независимо в разных сёлах.

Женская форма Маухина, закрепившаяся в качестве фамилии, — явление обычное для русской традиции, где фамилии жён и дочерей образовывались от фамилии отца или мужа. Сегодня она воспринимается как самостоятельная фамилия, и её носительницы не всегда задумываются, что в основе лежит прозвище их далёкого предка, жившего несколько столетий назад и получившего своё имя за сходство с мелким назойливым насекомым или за живой нрав.