Фамилия Медвинер — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, зато есть характерный формант -ер, который сразу выдаёт нерусскую, скорее всего, еврейскую (ашкеназскую) модель образования. Такие фамилии часто искусственно создавались в XIX веке на территории черты оседлости, в основном на идише или немецком языке, и обозначали профессию или место.

Основа «Медвин» (Medwin) с большой вероятностью восходит к топониму. Наиболее правдоподобная версия — связь с названием города Медвин (Medwin) в Украине (ныне Киевская область). По правилам ашкеназской ономастики, к названию места добавляли суффикс -ер, обозначающий жителя или выходца оттуда. Таким образом, Медвинер — это «тот, кто из Медвина». В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ер от названий городов и местечек — один из самых распространённых типов среди еврейских фамилий Восточной Европы.

Менее вероятная, но возможная версия — от слова «мед» (как продукт пчеловодства) через немецкое «Med» или идиш. В этом случае Медвинер мог быть прозвищем торговца мёдом или медовара. Однако суффикс -вин- в середине слова (Med-vin-er) делает эту этимологию натянутой: «медовый» на идише звучало бы как «honiк» или «honiсher», а не «медвинер». Поэтому географическая версия остаётся основной.

Встречается фамилия и в варианте Медвиннер (с двумя «н»), что характерно для некоторых польских или литовских записей. Носители фамилии традиционно проживали на юго-западе Российской империи, в Волынской, Подольской и Киевской губерниях. После эмиграционных волн конца XIX — начала XX века Медвинеры рассеялись по США, Израилю и Аргентине.

В России фамилия остаётся малочисленной. Поскольку она не прошла через русскую модель склонения (типа Медвинеров), её носители — это, как правило, потомки тех, кто сохранил оригинальное написание. Сословная принадлежность предков была почти исключительно мещанской или купеческой, реже — раввинской. Дворянских корней у фамилии нет.