Фамилия Мекшонкова — женская форма фамилии Мекшонков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Мекшонок, которое, в свою очередь, образовано от слова «мекша». Слово «мекша» в русских говорах имело несколько значений. Наиболее вероятное — так называли тюрю, похлебку из хлеба, крошенного в воду или квас. Мекшонком могли прозвать любителя такой еды, либо, что встречается чаще в прозвищах, человека бедного, кормившегося чем придется, то есть «хлебавшего мекшу». Другая версия, менее распространенная, отсылает к диалектному глаголу «мекшить» — медлить, мешкать. В этом случае Мекшонок — медлительный, нерасторопный человек.

Суффикс -онок (в современном написании -ёнок) в основе фамилии — типичный для севернорусских и некоторых центральных областей России. В XVI–XVII веках он означал не только детеныша, но и молодого человека, сына по отношению к отцу: Мекшонок — буквально «сын или ученик Мекши». Затем фамильный суффикс -ов добавил окончательное значение принадлежности: Мекшонков — «из рода Мекшонка».

Фамилия редкая. Географически она встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает северное происхождение модели на -онок. Встречается вариант написания с ударением на втором слоге: Мекшонкова, хотя в говорах ударение могло падать на первый.

Однокоренные фамилии — Мекшин, Мекшов, Мекшутов — все они восходят к тому же прозвищу Мекша, но образованы по разным словообразовательным моделям. Мекшонкова стоит в этом ряду особняком: она не просто указывает на предка, а сохраняет его уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму, что делает её более живой и древней по духу.