Фамилия Мекшенков образована от прозвища или имени Мекшен, которое в свою очередь восходит к крестильному имени Мефодий. В русском языке имя Мефодий (от греческого «методос» — «способ», «метод») в народной речи нередко сокращали и переделывали: возникали формы Мех, Меха, Мехей, а в некоторых говорах — Мекша или Мекшен. Суффикс -ен- в основе Мекшен- указывает на уменьшительно-ласкательный или обиходный вариант имени: Мекшен — «маленький Мефодий» или просто «Мефодий по-свойски». Притяжательный суффикс -ов завершает модель: Мекшенков — буквально «сын Мекшена» или «потомок Мекшена».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были сильны северные и центральные русские говоры, — Вологодская, Архангельская, Костромская, а также Пензенская области. Встречается она нечасто: по данным открытых источников, на начало XXI века в России насчитывается около двух-трёх сотен носителей. Такая локальная привязанность типична для фамилий, образованных от народных форм канонических имён, — они редко распространялись широко, оставаясь внутри нескольких уездов.

Словообразовательная модель Мекшенков любопытна тем, что суффикс -ен- в основе встречается реже, чем стандартные -ин или -ов, и указывает на более древнюю, дофамильную стадию прозвища. Если бы фамилия возникла напрямую от имени Мефодий через суффикс -ов, мы бы получили Мефодиев или Методиев. Но народная переделка дала Мекшен, а затем Мекшенков — и это сохранило в фамилии живую разговорную форму XVII–XVIII веков.

Встречаются однокоренные фамилии: Мекшин, Мекшеев, Мекшанов. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами и, вероятно, региональными вариантами произношения. Мекшенков среди них — наиболее полная форма, где сохранён «уменьшительный» элемент -ен-, что делает фамилию особенно узнаваемой.

Носители фамилии в прошлом скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, поскольку дворянские роды с такой фамилией в исторических документах не фиксируются. Никаких громких исторических личностей под этой фамилией не известно, и это нормально: основная масса русских фамилий — именно крестьянские, и их ценность не в известности, а в точном отражении языковых процессов своего времени.