Фамилия Мекшина образована от мужского имени или прозвища Мекеша, и в этом разборе кроется главная загадка. Чаще всего Мекешу считают уменьшительной формой канонического имени Никифор. В переводе с древнегреческого Никифор значит «победоносный», и это имя было широко распространено на Руси в среде простых людей, которые охотно использовали его домашние, сокращённые варианты. Покровителем имени почитают святого мученика Никифора из Антиохии Сирийской: он открыто назвал себя христианином, выдержал пытки за веру и принял смерть через усечение мечом. От этого имени-основы по модели с суффиксом -ин и появилась фамилия Мекшина, то есть «дочь или жена Мекеши», а в более широком смысле — потомок человека, которого в округе звали Мекешей.

Существует и вторая, менее правдоподобная версия, которая выводит основу от глагола «мешкать», то есть «медлить». Согласно ей, прозвище Мекша мог получить человек неторопливый, нерешительный или вялый. Но эта гипотеза выглядит слабее: во-первых, от «мешкать» естественнее было бы образовать прозвище Мешка, а не Мекша, во-вторых, имя Мекеша как уменьшительная форма Никифора встречается в исторических документах и вписывается в общую традицию русских мирских имён. Поэтому версия с Никифором остаётся основной.

Сама фамилия Мекшина закрепилась в женской форме, что типично для русских фамилий на -ин: так называли жену или дочь носителя мужской фамилии Мекшин. В старину, когда фамилии только складывались, притяжательная форма указывала на родство: «Мекшина жена», «Мекшина дочь». Со временем это сочетание сократилось до самостоятельной фамилии, которая передавалась по наследству. Мужской вариант Мекшин, от которого она произошла, встречается в тех же регионах, где бытовало имя Мекеша, — преимущественно в центральных русских областях и в Поволжье.

Любопытно, что фамилия Мекшина не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням, хотя по звучанию может показаться инородной. На самом деле это чисто русская фамилия, рождённая из православного имени и народной привычки сокращать длинные календарные имена до коротких и ласковых форм. Подобным образом от Никифора появились и другие фамилии: Микешин, Никифоров, Никишин. Мекшина стоит в этом ряду особняком из-за необычного перехода: Никифор — Микеша — Мекеша — Мекшин. Такая цепочка показывает, как живая речь упрощала имя до самого краткого звучания, а фамилия сохранила этот народный вариант на века.