Фамилия Мекшин — один из тех случаев, когда в основе лежит не прозвище, а личное имя, хотя и в неочевидной форме. Главная версия возводит её к мирскому имени Микеша, уменьшительной форме от крестильного имени Никифор. С древнегреческого Никифор переводится как «победоносный», а имя это было широко распространено на Руси. Покровителем считается святой мученик Никифор из Антиохии Сирийской, который открыто исповедовал веру, выдержал истязания и был казнён мечом.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Мекшин буквально означает «сын Мекши». А вот сам переход от Микеши к Мекше — явление фонетическое, обычное для живой речи: безударный гласный редуцировался, и форма закрепилась в документах. Аналогичные цепочки встречаются у фамилий вроде Мекешин или Микешин, так что Мекшины — это отдельная ветвь, где имя упростилось ещё сильнее.

Существует и альтернативная версия, но она заметно слабее. Согласно ей, в основе лежит искажённый глагол «мешкать», то есть «медлить», и тогда Мекша — прозвище нерасторопного, вялого человека. Лингвистически это возможно, но уступает первой гипотезе: слишком много на Руси было образований от уменьшительных имён, и фамилия Мекшин прекрасно вписывается в этот ряд, не требуя натяжек с прозвищем.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: фамилии у крестьян и посадских людей закреплялись постепенно, на протяжении нескольких столетий. Но сам факт, что имя Никифор, популярное в простонародье, дало такую нестандартную форму, говорит о живом процессе словообразования. Перед нами не книжная, а разговорная традиция, где имя перекраивалось на свой лад, а потом застывало в фамилии.