Фамилия Мелькаев происходит от прозвища Мелькай из глагола «мелькать, мерцать, мельтешить» или «измельчать». Так могли называть либо того, кто часто мигает, либо суетливого человека. Согласно ей, фамилия Мелькаев была образована от ласкательного прозвища Малец, которое родители дали ребенку. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мелькай, со временем получил фамилию Мелькаев.