Фамилия Мельнькова — один из тех редких случаев, когда написание хранит следы живого произношения. Правильная, книжная форма — Мельникова, от слова «мельник». Но в северных и центральных говорах, особенно в новгородских и вятских, «е» перед ударным слогом часто переходило в «ё» на письме, а в безударной позиции — в «ь». Так и появился вариант с «ь»: он точно отражает, как фамилию произносили в деревне — «Мельнько́ва».

Основа фамилии — прозвище Мельник, то есть владелец или работник мельницы. На Руси мельник был фигурой заметной: не просто ремесленник, а человек, от которого зависел хлеб, а значит, и жизнь всей округи. Отсюда и двойственное отношение — его уважали, но и побаивались, считая колдуном, способным «заговорить» воду или колесо.

Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Мельньков — буквально «сын Мельника» или «из семьи Мельника». По модели это типичная русская фамилия, образованная от прозвища или профессии отца. Встречается она повсеместно, но именно вариант с «ь» чаще фиксируется в переписях XIX века по Архангельской, Вологодской и Вятской губерниям.

Однокоренные фамилии — Мельников, Мельниченко, Мельничук — куда распространённее. Мельнькова же стоит особняком: она не просто сообщает о роде занятий предка, но и сохраняет диалектную черту, которая в официальных документах обычно исчезала под давлением нормы. Это не ошибка писаря, а живое свидетельство того, как люди называли себя сами.