Фамилия Менибаев — редкий пример тюркского антропонима, в котором личное имя слилось с арабским религиозным термином. Её основа — составное имя Менибай, где первая часть восходит к арабскому «му’мин» (مؤمن) — «верующий, правоверный». В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском и татарском, звук «м» в начале слова мог озвончаться или переходить в «б», а долгий гласный редуцироваться — так «му’мин» превратился в «менин» или «мени». Вторая часть — «бай» (тюрк. «богач, хозяин, господин») — в дореволюционной Средней Азии и Поволжье была не столько указанием на богатство, сколько пожелательным компонентом имени: «верующий господин» или «обладающий верой».

Русский суффикс -ев (а не -ов) в фамилии Менибаев указывает на то, что исходное имя оканчивалось на мягкий согласный или «й»: Менибай → Менибаев. Такая модель типична для фамилий, которые оформились в XIX — начале XX века у крещёных татар, башкир и казахов, перешедших в православие или принявших русскую фамильную систему через метрические книги. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, -ев здесь — стандартный патронимический формант, означающий «сын Менибая».

Географически фамилия встречается в основном в Оренбургской, Челябинской областях и Башкортостане — регионах, где исторически жили башкиры и татары-мишари. Встречается она и у казахов, но реже: в казахской среде фамилии на -ев распространились в советское время, тогда как у башкир и татар — раньше, в ходе христианизации. Единичные носители есть в Таджикистане и Узбекистане, но там форма могла возникнуть независимо, из местной вариации имени Манбай.

Спорный момент — возможная связь с арабским «ма’ни» (معنى) — «смысл, значение». Некоторые краеведы выводят Менибая из «ма’ни бай» — «богатый смыслом», но это менее вероятно: в тюркских антропонимах редко соединяют абстрактное понятие с титулом «бай», а переход «ма’ни» → «мени» не объясняется фонетически. Версия с «му’мин» надёжнее — она подтверждается множеством параллельных имён: Миннибай, Минбай, Мингали (где «мин» — тоже от «му’мин»).

Социально предки современных Менибаевых — скорее всего, зажиточные крестьяне или ремесленники из башкирских или татарских деревень. Титул «бай» в имени не гарантировал реального богатства, но указывал на уважаемый род или надежду отца на достаток. В метрических книгах XIX века фамилия могла записываться через «и» — Менибаев, или через «ы» — Меныбаев, что отражает диалектное произношение.