Фамилия Менлышев — тюркская по происхождению, и её основа напрямую отсылает к имени, а не к прозвищу или профессии. В её ядре лежит древнее тюркское имя Менлы (Менли), которое образовано от корня «мен» — «родинка, родимое пятно». У тюркских народов родинка считалась счастливым знаком, меткой судьбы, поэтому имя Менлы («имеющий родинку», «родимый») давали детям как оберег — считалось, что такой человек отмечен удачей и защищён от злых сил.

Фамилия построена по классической русской патронимической модели: к основе Менлыш- (где -ш- — уменьшительно-ласкательный суффикс, типичный для тюркских имён) добавили русский суффикс принадлежности -ев. Буквальный смысл: «потомок (сын) Менлыша». Форма Менлыш — это народный, обиходный вариант имени Менлы, так же как в русском языке от имени Иван образуется Иваш, а от Пётр — Петруш.

Географически фамилия почти наверняка уходит корнями в среду поволжских татар или башкир. Именно у этих народов имя Менлы (Минле, Минни) было широко распространено, а после присоединения Казанского и Астраханского ханств к России многие носители таких имён получали фамилии по русскому образцу. Встречаются однокоренные фамилии — Менлибаев, Менлигулов, где вторая часть уже указывает на отца, но в случае с Менлышевым мы видим чисто русский суффикс, что говорит об ассимиляции конкретной ветви рода.

Любопытная деталь: в документах XIX — начала XX века фамилия могла записываться с буквой «и» — Минлышев, что отражает диалектное произношение (так называемое иканье). Эта вариативность написания не меняет смысла, но помогает историкам отслеживать миграцию носителей: переход с «и» на «е» часто фиксировался при переезде в регионы с русскоязычным большинством, где фамилию записывали на слух.

Сословно Менлышевы, скорее всего, относились к государственным или ясачным крестьянам (не крепостным), либо к служилым татарам. Точных данных о дворянском происхождении фамилии нет — она не входит в списки столбового дворянства, а значит, предки были либо рядовыми общинниками, либо мелкопоместными, чей статус не требовал фиксации в гербовниках.