Фамилия Мензулина — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а конкретный бытовой предмет. Прозвище Мензула давали человеку, имевшему дело с мензулой — мерным сосудом для жидкостей, чаще всего вина или масла. В старину мензулой называли не только аптекарский или лабораторный стаканчик с делениями, но и любую точную меру для разлива, в том числе в трактирах и кабаках. Отсюда два возможных занятия предка: либо он был целовальником или кабацким сидельцем, отмерявшим вино по мензулкам, либо аптекарем, готовившим лекарства с точностью до капли. Второй вариант менее вероятен: аптекари в России XVII–XVIII веков были в основном иностранцами, и их фамилии часто оставались нерусскими.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мензулин — «сын Мензулы» или «человек из семьи Мензулы». Такая модель типична для прозвищ, перешедших в фамилии в центральных и северных губерниях России. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Мензу́лин, хотя в быту могли произносить и Мензу́лины.

В ономастической литературе фамилия практически не упоминается. В словаре Б. Унбегауна или у В. Никонова её нет, что говорит о её редкости. Поиск по архивным записям показывает единичные случаи бытования в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центра, принося местные прозвища. Возможно, фамилия возникла в среде однодворцев или посадских людей, где точность меры была важна для торговли.

Стоит отличать Мензулина от более известной фамилии Мензуль — последняя встречается у тюркских народов и имеет другую этимологию. Русская Мензулина — чисто бытовая, «сосудная» фамилия, которую не стоит путать с иноязычными омонимами.