Фамилия Мерджанян — армянская по происхождению, и это сразу видно по её финальной части. Суффикс -ян (в старой орфографии — -янц) — один из самых распространённых патронимических показателей в армянском языке. Он означает принадлежность к роду: буквально «из рода такого-то» или «сын такого-то». То есть Мерджанян — это потомок человека по имени или прозвищу Мерджан.

Основа фамилии — Мерджан — скорее всего, восходит к тюркскому слову «мерджан» (mercan), которое означает «коралл». В армянский язык это слово попало через турецкое или азербайджанское посредничество. Коралл в традиционной культуре Востока — не просто украшение, а амулет, оберег от сглаза. Поэтому прозвище Мерджан могли дать человеку с очень смуглой, красноватой кожей, либо, наоборот, как ласкательное имя ребёнку — «мой коралл, моё сокровище». В османской и закавказской среде слово «мерджан» использовалось и как женское имя, и как часть составных мужских имён (например, Мерджан-бек).

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с арабским именем Марджан (один из райских источников в исламской эсхатологии) или с персидским словом «марджан» — тоже «коралл», но с иным оттенком звучания. В любом случае, корень один — драгоценный камень или морской организм.

Географически фамилия Мерджанян наиболее характерна для западных армян — выходцев из исторической Западной Армении (территории современной восточной Турции), а также для армян, переселившихся в XIX веке в Крым и на Кубань. После геноцида армян 1915 года носители фамилии рассеялись по всему миру, но заметная диаспора есть в Краснодарском крае России, в Ростовской области и, конечно, в самой Армении.

С точки зрения словообразовательной модели, Мерджанян — типичная армянская фамилия второго порядка: она образована не от имени, а от прозвища или нарицательного слова, которое затем стало родовым именем. В отличие от фамилий на -ов/-ев у русских, армянский -ян не меняется по родам, и фамилия звучит одинаково для мужчин и женщин.