Фамилия Меркула — редкий случай, когда мы имеем дело не с типичной русской фамилией на -ов/-ев, -ин или -ский, а с застывшей формой имени в именительном падеже. Это так называемая «каноническая» или «именная» фамилия, где основой выступает полное крестильное имя Меркул (церковная форма — Меркурий), а суффикс фамилиеобразования попросту отсутствует. Такие модели встречаются редко и обычно указывают на нерусское происхождение носителя или на позднее оформление фамилии, часто в среде духовенства или в западнорусских землях.

Имя Меркул восходит к латинскому Mercurius — в древнеримской мифологии бог торговли, прибыли и ремесел. В христианский обиход оно попало благодаря святому Меркурию Кесарийскому, воину-мученику III века. В русской традиции имя давали в память о нём, хотя оно никогда не было особо распространённым: в святцах оно есть, но в народе чаще использовали его просторечную форму Меркул или Меркулка.

Географически фамилия Меркула тяготеет к южным и западным регионам бывшей Российской империи — Украине, Белоруссии, а также к старообрядческим общинам, где имя Меркурий почиталось. Известны случаи бытования фамилии среди духовенства, где дети получали фамилию по имени отца без добавления суффикса (например, поп Меркул -> сын Меркула). В польской традиции аналогичная фамилия Mierkuła встречается чаще.

Есть и вторая, менее вероятная версия: происхождение от прозвища Меркула, связанного с глаголом «меркуть» (мерцать, блестеть) в некоторых говорах, или с диалектным словом «меркул» — так в южнорусских говорах могли называть бойкого, пронырливого человека, по ассоциации с богом торговли. Но эта гипотеза не подкреплена серьёзными источниками, и церковное происхождение остаётся основным.

Таким образом, фамилия Меркула — это прямая отсылка к редкому крестильному имени, сохранившаяся в первоначальной форме без типичных русских суффиксов. Она указывает на то, что предок носителя был назван в честь святого Меркурия, а сама фамилия, скорее всего, оформилась на юго-западе или в среде духовенства.