Фамилия Мерцхулава образована от прозвища Мерцхул. Оно, скорее всего, берет начало от грузинского существительного merts’q’uli со значением «водолей». Так называют человека, который вычерпывает откуда-либо воду. Скорее всего, именование Мерцхул отражает род занятий его обладателя.