Фамилия Месаутова — женская форма, мужской вариант — Месаутов. Её основа и суффикс сразу указывают на географическое происхождение: это типичная фамилия, образованная от названия населённого пункта. Модель проста: к топониму, оканчивающемуся на -ово, -ево или -ов, добавляли суффикс -ов/-ев, а затем родовое окончание. В данном случае исходным могло быть село или урочище Месаутово (или Месаут), которое, скорее всего, находилось на территории бывшей Казанской губернии или Урала.

Корень «Месаут» — тюркского происхождения. Вероятнее всего, он восходит к татарскому или башкирскому имени Мәсәғүт (Мэсэгут), которое в свою очередь связано с арабским «масуд» — «счастливый», «благополучный». В тюркской ономастике имя Месаут (варианты: Масгут, Масхут) было распространено среди татар и башкир, а топонимы с этим корнем встречаются, например, в Башкортостане (деревня Месаутово в Кигинском районе). Таким образом, предки носителей фамилии могли быть выходцами из такого села, а сама фамилия закрепилась за переселенцами или крестьянами, которых записывали по месту жительства.

Интересная деталь: фамилия Месаутова нечасто встречается за пределами Поволжья и Приуралья. Это говорит о том, что она почти не распространилась в центральных губерниях России. Встречаются единичные носители в Татарстане, Башкортостане, а также в Челябинской и Оренбургской областях. В отличие от фамилий на -ский (вроде Месаутский), которые обычно указывали на дворянское или духовное происхождение, форма на -ов/-ева — крестьянская или мещанская. Вероятно, предки были государственными или помещичьими крестьянами, переселившимися в XVIII–XIX веках с южного Урала в другие регионы.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: топоним Месаут + суффикс принадлежности -ов. Мужской вариант склоняется по второму склонению, женский — по первому. Ударение, судя по произношению в регионе бытования, падает на второй слог: Месáутова.