Фамилия Мисаутова — женская форма фамилии Мисаутов, и её разбор стоит начать с самого корня, который неочевиден на первый взгляд. В основе лежит имя или прозвище Мисаут — редкая составная конструкция, характерная для тюркских языков. Первая часть «мис» восходит к арабскому «миср» (Египет) или же к тюркскому «мыс» (рог, угол), но в антропонимике чаще встречается как вариант имени Мисбах — «светоч», «лампада». Вторая часть «аут» — искажённое «авыл» (аул, селение) или «ут» (огонь). Таким образом, исходное прозвище могло означать «огонь из Египта» или «свет аула» — метафорическое имя для яркого, заметного человека.

Модель образования фамилии — суффикс -ов, типичный для русских фамилий, но здесь он наложен на тюркскую основу. Это указывает на то, что предки носителей фамилии жили в зоне русско-тюркского культурного пограничья: скорее всего, в Поволжье, на Урале или в Западной Сибири, где татары, башкиры или казахи переходили в православие и получали фамилии по русскому образцу. Сама фамилия Мисаутов встречается редко, её географическое ядро — Татарстан и соседние регионы, что подтверждает гипотезу о татарском или башкирском происхождении.

В отличие от более частых фамилий на -ин, суффикс -ов здесь не указывает на принадлежность отцу (как Иванов — сын Ивана), а скорее фиксирует прозвище как родовое имя. Интересно, что в дореволюционных метрических книгах можно встретить вариант Мисаутов с ударением на второй слог, что ближе к тюркскому произношению. Со временем фамилия обрусела, и ударение сместилось на последний слог, как в типичных русских фамилиях.

Споров вокруг этимологии немного: версия о связи с арабским «мисбах» наиболее правдоподобна, так как тюркские имена часто включали исламские корни. Альтернативное объяснение — от казахского «мыс» (медь) и «аут» (огонь) — слабее, потому что такая конструкция нехарактерна для казахской антропонимии. Итак, предки Мисаутовых, вероятно, были тюркоязычными крестьянами или мещанами, получившими фамилию по яркому прозвищу, которое со временем утратило первоначальный смысл.