Фамилия Месежникова — женская форма от Месежников, и её основа — почти наверняка географическая, а не прозвищная. В русской ономастике суффикс -ик- (-ник-) в фамилиях часто указывает на человека, связанного с местом: «тот, кто родом из такого-то села» или «житель такой-то местности». Если убрать суффикс -ов, остаётся корень «Месежник», который образован от топонима Месеж или Месежи.

Прямая отсылка — деревня Месеж (или Месежи) в Беларуси, в Гродненской области. Такое название нередко для славянских поселений: оно могло произойти от личного имени Месег (древнерусское, от «месяц») или от диалектного «месега» — что-то связанное с луной, светом. Но вероятнее, что в основе лежит балтский или ятвяжский субстрат: на территории современной Гродненщины до славян жили балтские племена, и топонимы с корнем «мес-» (ср. лит. «miškas» — лес) не редкость. В таком случае Месеж — это «лесное место» или «селение у леса».

Фамилия Месежниковы, таким образом, могла закрепиться за крестьянами или мещанами, переселившимися из деревни Месеж в другую местность. В России она встречается редко, и её география красноречива: основные очаги — западные области (Смоленская, Брянская, Псковская), а также потомки переселенцев в Сибири. Это типичная «выезжая» фамилия, которая не связана с ремеслом или прозвищем, а просто говорит: «мы из Месежа». Суффикс -ов- в мужской форме — стандартный русский патронимический, указывающий на принадлежность роду Месежниковых.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах встречается вариант написания «Месежнеков», что выдаёт народную этимологию — попытку переосмыслить редкое название через знакомое слово «мешок» или «месево». Но исходная форма устойчивее: Месежников, с мягким «ж». В женском варианте ударение, скорее всего, падает на второй слог: Месе́жникова, хотя в бытовой речи возможны колебания.