Фамилия Мисежников — редкий пример того, как географическое название становится родовым именем. Её основа — топоним Мисежники или Мисежник. Скорее всего, так называлась деревня или хутор на территории современной Беларуси или западной России, в зоне бывшего Великого княжества Литовского. Суффикс -ник в основе указывает на принадлежность к месту: «мисежник» — житель Мисежа или выходец из Мисежников. А типичный русский суффикс -ов превращает это прозвище в фамилию, отвечая на вопрос «чей?» — сын Мисежника.

Само слово Мисеж, от которого всё пошло, скорее всего, балтского или славянского происхождения. Возможная связь — с литовским misis (лес, чаща) или с древним диалектным «мис» (место, мыс). В любом случае, название деревни могло описывать её расположение: на опушке, у болота или на возвышенности. Фамилия однозначно недворянская — такие «местные» фамилии обычно получали крестьяне и мещане, которых записывали по месту жительства при переписях или переходе в другое село.

Словообразовательная модель Мисеж-ник-ов показывает двойную «привязку»: сначала человека назвали по деревне, а потом его детей записали уже с отчеством от этого прозвища. Это типично для фамилий, возникших в XIX веке, когда массово закреплялись родовые имена у непривилегированных сословий. Встретить Мисежникова сегодня вероятнее всего в Беларуси, на Смоленщине или в Псковской области — там, где остались следы старых балтских топонимов. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, потомки одной локальной группы, разошедшейся по стране в XX веке.