Фамилия Месянинова — женская форма, а её мужской вариант пишется как Месянинов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Месяня. Такие имена, образованные от названий небесных тел, в дохристианской Руси давали детям не случайно: считалось, что имя-оберег защитит ребёнка или передаст ему качества, которые связывали с этим явлением. Месяц — луна — ассоциировался с таинственным, непостоянным, но и с ростом, обновлением (лунные фазы). Впрочем, прозвище могло достаться и взрослому: так называли человека бледнолицего, «луноликого», либо того, кто родился в безлунную ночь или, наоборот, в полнолуние.

Словообразовательная модель проста: к основе «Месян-» добавили суффикс -ин-, который указывает на принадлежность («чей?»). Месянинов — значит «сын Месяни». А Месяня — это уменьшительная или обиходная форма от слова «месяц» (как, например, от «козёл» — Козля, от «ворон» — Вороня). Суффикс -ин- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев, и чаще закреплялся в северных и центральных регионах, где была сильна традиция прозвищных фамилий.

Поскольку фамилия недворянская и не попала в родословные книги, её носители, скорее всего, происходили из крестьян, посадских людей или однодворцев. Фамилия фиксируется в документах с XVII века: например, в переписных книгах Воронежского уезда упоминается стрелец Месянинов. Встречается она и сейчас — в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях, что подтверждает её южнорусские корни. В других регионах, особенно за Уралом, она может быть результатом переселения крестьян в XIX веке.

Стоит отличать Месянинова от фамилий с похожим звучанием, но другим корнем: Месяцев, Месяц, Месячихин. У Месянинова основа — именно прозвище, а не календарное слово «месяц» в прямом значении. Ударение в фамилии устойчивое: Меся́нинов, на второй слог.