Фамилия Мецатунова — редкая, с неочевидной внутренней формой. В ней сразу заметна необычная основа «мецатун-», которая не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного или семинарского происхождения, образованная от латинского или греческого слова.

Наиболее вероятная версия: в основе лежит латинское слово meditatio — «размышление, обдумывание». В русской семинарской традиции XVIII–XIX веков было принято переводить фамилии учащихся на латынь или давать новые, «говорящие» фамилии, отражающие добродетели, качества или понятия. От meditatio могли образовать прилагательное meditatum (средний род) или причастие, а затем, по модели русских фамилий на -ов, появилась форма Мецатунов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Мецатуна», то есть человека, носившего такое прозвище или школьное прозвание. Ударение в фамилии падает на предпоследний слог — Мецату́нова, что типично для слов латинского происхождения в русском языке.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с греческим словом μετάνοια (metánoia) — «перемена ума, покаяние». В таком случае основа могла быть переосмыслена при записи, и метан- превратилось в мецат- под влиянием местного произношения или канцелярской ошибки. Однако эта гипотеза слабее, так как в русских семинарских фамилиях чаще встречаются прямые латинские заимствования, а не греческие, да ещё и с искажением.

Женская форма Мецатунова — это вариант от мужской Мецатунов, по правилам русского языка. Носительницы этой фамилии — потомки того самого семинариста или священника, которому при поступлении в духовное училище дали «говорящую» фамилию, связанную с размышлением или благочестием. Географически такие фамилии чаще всего встречаются в центральных и южных губерниях Российской империи, где были сильны духовные школы — например, в Курской, Орловской, Рязанской областях. Точных данных о распространённости фамилии Мецатунова в современных источниках нет, но она явно принадлежит к числу редких, что делает её особенно ценной для семейной истории.