Фамилия Мигашкин образована от прозвища Мигашка, и корень здесь — глагол «мигать», то есть моргать. Но у этого прозвища есть и второй, менее очевидный пласт: в тверских говорах бытовал диалектный глагол «мигалить» — «хлопать глазами, зевать». Если основа именно он, то Мигашкой в народе могли прозвать рассеянного, слегка задумчивого человека, который смотрит по сторонам, не замечая происходящего. Вторая версия выглядит даже правдоподобнее первой: прозвища, данные «по недостатку» или забавной привычке, на Руси были распространены куда шире, чем нейтральные именования.

Сама модель фамилии — суффикс -ин — указывает на притяжательное значение: Мигашкин буквально означает «сын Мигашки» или «человек из рода Мигашки». Такие фамилии на -ин обычно возникали в северных и центральных русских землях, где в основе лежали прозвища или имена, оканчивающиеся на -а/-я. Здесь же — уменьшительно-ласкательный суффикс -к-, который придаёт прозвищу оттенок бытовой фамильярности: Мигашка — это не официальное имя, а то, как человека называли в семье или в деревенской среде.

Стоит заметить, что прозвище Мигашка могло закрепиться за человеком как основное, вытеснив крестильное имя, — так часто происходило в среде крестьян и посадских людей, где внутри общины людей различали по прозвищам, а не по церковным именам. Потомки такого Мигашки со временем и получили фамилию Мигашкины.

Однако точное время и место возникновения фамилии назвать сложно. Процесс формирования фамилий у разных сословий растянулся на несколько веков: у крестьян он завершился лишь к концу XIX века, поэтому Мигашкины могли появиться независимо в разных губерниях. Безусловно, фамилия представляет собой самобытный памятник славянской культуры, но окончательно говорить о её географической привязке можно только после серьёзных генеалогических изысканий: изучения писцовых книг, ревизских сказок и метрических записей.