Фамилия Мигера — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а украинская или белорусская. В ней нет типичного восточнославянского суффикса принадлежности (-ов, -ин), она застыла в форме чистой основы или прозвища. Это сразу указывает на то, что фамилия образовалась не в великорусских землях, а на территории современной Украины или Беларуси, где такие «голые» фамилии (типа Шевченко, Гмыря, Мигера) встречаются гораздо чаще.

Корень «миг-» легко соотнести с глаголом «мигать» или существительным «миг» (мгновение). Прозвище Мигера могли дать человеку с быстрой, отрывистой речью, тому, кто часто моргал, или, напротив, тому, кто всё делал стремительно, «в один миг». В украинском языке есть слово «мигати» (мелькать, мерцать), и «мигало» — это ещё и световой сигнал, маячок. Вполне вероятно, что прозвище носило ироничный или описательный характер, как это часто бывало в крестьянской среде.

Суффикс «-ер(а)» в украинских и белорусских фамилиях не так распространён, как «-ак» или «-ук», но встречается. Он придаёт основе оттенок деятеля или носителя признака. Сравните: Гуляй — Гулера (гуляка), Мигай — Мигера (тот, кто мигает). Таким образом, фамилия Мигера — это прозвище, перешедшее в фамилию без изменений, что характерно для юго-западных регионов Восточной Европы.

География фамилии подтверждает эту версию. Мигера — довольно распространённая фамилия в центральных и западных областях Украины (Винницкая, Житомирская, Хмельницкая области), а также в южной Беларуси. В России она встречается редко и, как правило, у выходцев из этих регионов. Это не дворянская и не купеческая фамилия — она принадлежала крестьянам и мещанам, чьи прозвища закрепились официально после отмены крепостного права.

Версия о связи с польским «migiera» (каприз, причуда) менее правдоподобна, но не исключена для пограничных территорий. Однако украинская основа с прозрачной внутренней формой («мигать») выглядит убедительнее и не требует привлечения заимствований.