Фамилия Мигерина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Мигерин. В русской традиции такие фамилии обычно не склонялись по родам вплоть до XX века, но в современном обиходе форма на -а закрепилась за женщинами.

Разбирать Мигерина логичнее всего с суффикса -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Мигерин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Мигера. Суффикс -ин характерен для северных и центральных областей России, в отличие от южнорусского -ов/-ев.

Корень «Мигер-» — тёмный. Прямых параллелей в современном русском языке нет. Скорее всего, это прозвище, образованное от диалектного слова. В северных говорах (архангельских, вологодских) «мигарь» или «мигерь» могло означать человека, который часто мигает, щурится, или, напротив, того, кто подсматривает, «мигает» глазами. Прозвища по физической особенности — один из самых древних пластов русских фамилий. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «мигать» в значении «мелькать, быстро исчезать» — так могли прозвать непоседливого или уклончивого человека.

Есть и другая версия: основа могла быть заимствована из тюркских языков, где «мигер» (вариант «мегер») — «искусный, ловкий». В русских говорах Поволжья, где контакт с тюркскими языками был плотным, такое слово могло прижиться как прозвище. Однако эта гипотеза слабее: следов слова «мигер» в русских диалектных словарях почти нет, а прозвища по внешности встречаются гораздо чаще.

Фамилия редкая. По данным открытых телефонных справочников и баз переписи, основные очаги — Нижегородская область и Удмуртия. Это косвенно подтверждает северно-русский суффикс -ин и возможную диалектную природу корня. Встречается также вариант написания с двумя «г» — Миггерина, но он единичен и, скорее всего, результат ошибки в документах.

Сословно фамилия, судя по модели, крестьянская или посадская. Дворянские фамилии на -ин в основной массе образовывались от крестильных имён (Михайлов, Иванов), а не от прозвищ с тёмной этимологией. Мигерины, вероятно, были крестьянами или ремесленниками из центральной России.

Таким образом, носитель фамилии Мигерина — потомок человека, которого в деревне прозвали Мигерой за манеру моргать или щуриться. Фамилия сохранила редкую диалектную черту и географическую привязку к волжско-вятскому региону.