Фамилия Микаия — один из тех редких случаев, когда носитель фамилии может почти безошибочно назвать свою этническую принадлежность. Она почти наверняка имеет грузинское происхождение, причем её структура выдает в ней не случайное заимствование, а органичную часть грузинской ономастики.

Ключевой элемент — окончание -ия. В грузинском языке это не просто суффикс, а полноценный фамильный показатель, аналогичный русскому -ов или -ин. Он характерен для западных регионов Грузии, особенно для Гурии, Имеретии и Мегрелии. В отличие от русских фамилий, где окончание меняется по падежам (Микаев — Микаева), грузинские фамилии на -ия, -дзе, -швили остаются неизменными в русском склонении: Александр Микаия, с Александром Микаия.

Основа фамилии — Мика-. Это краткая форма от имени Михаил (в грузинском произношении — Михеил). Уменьшительно-ласкательные варианты вроде Мика, Мико, Миквана — обычное дело в грузинской традиции. Таким образом, фамилия Микаия буквально означает «принадлежащий Мике» или «из рода Мики». Это патроним, образованный от личного имени предка.

Встречается и версия, что Мика может быть не только от Михаила, но и от редкого грузинского имени Микаэл (также вариант Михаила), или даже от мусульманского Микаил, что возможно в регионах, граничивших с Аджарией. Однако основное, самое простое и логичное объяснение — от Михаила.

Поскольку фамилия не содержит указания на сословие или профессию, предки носителей фамилии Микаия могли быть как крестьянами, так и дворянами (в Грузии азнаури), но в любом случае их объединяла принадлежность к конкретному роду, основателю которого звали Мика. Встретить эту фамилию можно не только в Грузии, но и в России, куда она попала в XIX–XX веках вместе с миграцией, а также в странах, куда уехала грузинская диаспора.