Фамилия Миканаев — достаточно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь мы видим тюркский или кавказский след. Скорее всего, в основе лежит личное имя Микан или Микана, которое могло быть производной формой от полного мусульманского имени. Например, от Микаиль (арабская форма библейского Михаила) или от имени Микай, распространённого у некоторых тюркских народов. Суффикс -аев указывает на отчество: Миканаев буквально значит «сын Миканая» (где Миканай — имя с ласкательным аффиксом). Такая модель типична для фамилий башкир, татар, казахов и народов Северного Кавказа.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где сильны тюркские языки. Встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области, а также среди кумыков и ногайцев. В русских официальных документах XIX века фамилии такого типа фиксировались при переписях у тех, кто переходил в православие или просто получал паспорт. Но Миканаев мог остаться и у мусульман — окончание -ев не всегда говорит о русификации, иногда это просто русская запись тюркского аффикса -улы/-оглы.

Если копнуть в значение корня «микан», то в тюркских языках есть слово «мыкан» — «крепкий, устойчивый». В чеченском и ингушском языках «мика» означает «улыбка», но это менее вероятная основа, так как фамилии от абстрактных понятий редки. Более правдоподобна версия с арабским корнем М-К-Н, дающим значение «место, положение» или «сила». Таким образом, Миканаев — потомок человека с прозвищем Микан, то есть «сильный» или «осёдлый».

Сословно предки Миканаевых могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми. У башкир и татар фамилии на -аев нередко носили муллы, старшины или зажиточные общинники, чьи имена записывали в метрики. Однако без генеалогического древа сказать точнее нельзя — фамилия не настолько массовая, чтобы делать обобщения по всей России. Единственное, что стоит отметить: в современном русском языке фамилия склоняется как обычное мужское отчество (Миканаева, Миканаеву), а у женщин остаётся неизменной в замужестве.